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Seaphages
宿主細(xì)菌
擁有800 多個已測序的分枝桿菌噬菌體,我們熱衷于擴(kuò)大我們的網(wǎng)絡(luò),將在放線菌門內(nèi)其他宿主上分離的噬菌體包括在內(nèi)。這包括噬菌體,如節(jié)桿菌屬、戈登氏菌屬和紅球菌屬。
作為實(shí)現(xiàn)這一激動人心目標(biāo)的手段,SEA-PHAGES 團(tuán)隊(duì)將分3 個階段對新的放線菌宿主進(jìn)行試驗(yàn),每個階段都將告知下一個最終目標(biāo),即建立最佳實(shí)踐以協(xié)助整個 SEA 的噬菌體工作。
SEA-PHAGES 教師可以自愿參與這項(xiàng)工作的任何或所有步驟。各階段描述如下。
單擊此處查看當(dāng)前處于 SEA-PHAGES 管道中的主機(jī)。
第一階段:識別
識別階段是將主機(jī)添加到我們的集合的第一步。此階段的目標(biāo)是確定宿主是否普遍適合課堂噬菌體環(huán)境。這一階段可能由匹茲堡大學(xué)的 Hatfull 實(shí)驗(yàn)室、HHMI SEA-phages 小組或 SEA-PHAGES 計劃內(nèi)的任何機(jī)構(gòu)進(jìn)行。
您可以通過選擇要處理的放線菌宿主并確定以下內(nèi)容來參與此階段:
生長參數(shù)(培養(yǎng)基、溫度、孵育時間、菌落形態(tài))
使用富集發(fā)現(xiàn)噬菌體的頻率
請注意,處于鑒定階段的宿主可能只是經(jīng)過初步測試(即菌落和草坪可以在固體培養(yǎng)基上生長)。因此,這一階段的測試可能適合獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目。如果您有興趣選擇除試點(diǎn)之外的放線菌宿主,我們建議您使用符合以下標(biāo)準(zhǔn)的宿主。
是一種 BSL1 放線菌
具有與課堂時間表兼容的生長條件
像草坪一樣容易生長
可以分發(fā)給或可供 SEA-PHAGES 社區(qū)使用
第 2 階段:試點(diǎn)
當(dāng)宿主已經(jīng)充分表征并確定了獲得斑塊的基本指南時,它們可能會進(jìn)入試驗(yàn)階段。此階段的目標(biāo)是在許多不同的實(shí)施環(huán)境中測試主機(jī),并收集有關(guān)在 SEA-PHAGES 教室中使用主機(jī)的大量數(shù)據(jù)。這一階段通常由 SEA-PHAGES 領(lǐng)導(dǎo)層協(xié)調(diào),并涉及在同一學(xué)年在同一主機(jī)上工作的多個機(jī)構(gòu)。
如果您選擇參與試點(diǎn)階段,您將測試以下參數(shù):
噬菌體感染(富集、斑塊形成/形態(tài)、緩沖液、滴度、儲存)
分子生物學(xué)(DNA 提取、限制性分析、測序、電子顯微鏡)
第 3 階段:驗(yàn)證
經(jīng)過驗(yàn)證的主機(jī)現(xiàn)已準(zhǔn)備好在 SEA-PHAGES 教室中廣泛使用。基于試驗(yàn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)議可用于補(bǔ)充資源指南,協(xié)議發(fā)布在 PhagesDB 上。
主機(jī)選擇指南
新的 SEA-PHAGES 學(xué)院
我們強(qiáng)烈鼓勵所有新加入 SEA-PHAGES 計劃的教職員工在采用新宿主之前使用 SEA 團(tuán)隊(duì)為您選擇的細(xì)菌宿主成功實(shí)施一年的課程。成功的一年將需要通過向 GenBank 提交至少一個帶注釋的基因組來分離噬菌體。
目前的 SEA-PHAGES 教師
歡迎以前實(shí)施過 SEA-PHAGES 計劃的教職員工參與開發(fā)新宿主的所有階段。如果您決定測試新主機(jī),請通過 info@seaphages.org 向 SEA-PHAGES 團(tuán)隊(duì)發(fā)送電子郵件,并附上您選擇的主機(jī)和您打算如何實(shí)施試點(diǎn)的簡要說明(例如在實(shí)驗(yàn)室中或在教室)。
與新主機(jī)合作
當(dāng)您開始使用新宿主時,我們建議您按照資源指南或 PhagesDB 提供的協(xié)議中描述的恥垢分枝桿菌mc 2 155 的說明進(jìn)行操作,但有以下關(guān)鍵例外。
首先在 30°C 的 PYCa 培養(yǎng)基中培養(yǎng)新的放線菌。準(zhǔn)備 PYCa 媒體的協(xié)議可以在 PhagesDB 中找到。一旦您熟練使用新宿主,您就可以測試替代生長培養(yǎng)基和溫度。
可以在 PhagesDB 上找到使用新主機(jī)的其他注意事項(xiàng)。
我們要求在新主機(jī)上工作的教職員工保持嚴(yán)謹(jǐn)?shù)墓P記,以便我們能夠快速有效地建立最佳實(shí)踐。與新主機(jī)合作的數(shù)據(jù)將使用 SEA-PHAGES 團(tuán)隊(duì)發(fā)送的在線數(shù)據(jù)收集表收集。您可以在此處查看數(shù)據(jù)收集表,以熟悉將被請求的信息類型。
SEA-PHAGES 宿主細(xì)菌的當(dāng)前管道
恥垢分枝桿菌 mc2155
已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會: 700084
協(xié)議
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 11861 個| 2109 已測序
球形節(jié)桿菌 B-2979
已驗(yàn)證
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 561個| 144 測序
節(jié)桿菌屬 空中交通管制委員會 21022
已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會: 21022
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 707個| 226 測序
灰色鏈霉菌 ATCC 10137
已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會: 10137
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 444個| 109 測序
Gordonia rubripertincta NRRL B-16540
已驗(yàn)證
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 254 個| 85個測序
Gordonia terrae 3612
已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會: 25594
噬菌體:1917 年發(fā)現(xiàn)| 464 已排序
小葉微桿菌 NRRL B-24224
已驗(yàn)證
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 3191個| 437 已排序
紅球菌 RIA 643
試點(diǎn)| 空中交通管制委員會: 15903
最初在 ATCC 上列為紅球菌。
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 95 個| 41個測序
鏈霉菌 xanthochromogenes NRRL B-5410
試點(diǎn)
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 45 個| 19 測序
短桿菌 NRRL B-14687
試點(diǎn)
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 3 個| 1 個已排序
綠色發(fā)色鏈霉菌 DSM40736
鑒別
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 27個| 18個測序
葡萄球菌NCIB 9291
識別| 空中交通管制委員會: 10234
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 13 個| 8 測序
副氧化微桿菌 NWU1
鑒別
被內(nèi)布拉斯加衛(wèi)斯理大學(xué)隔離
噬菌體:發(fā)現(xiàn) 212 個| 29 測序
at101 SEA 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin北京實(shí)驗(yàn)試劑toxin上海實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南京實(shí)驗(yàn)試劑 toxin武漢實(shí)驗(yàn)試劑
bt202 SEB 1mg toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin江蘇實(shí)驗(yàn)試劑toxin湖北實(shí)驗(yàn)試劑 toxin安徽實(shí)驗(yàn)試劑 toxin合肥實(shí)驗(yàn)試劑
dt303 SED 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南寧實(shí)驗(yàn)試劑toxin浙江實(shí)驗(yàn)試劑 toxin吉林實(shí)驗(yàn)試劑 toxin哈爾濱實(shí)驗(yàn)試劑
et404 SEE 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin北京實(shí)驗(yàn)試劑toxin天津?qū)嶒?yàn)試劑 toxin華北實(shí)驗(yàn)試劑 toxin廣州實(shí)驗(yàn)試劑
其他的這些是菌株
71-097L moltox天津?qū)嶒?yàn)試劑,moltox浙江實(shí)驗(yàn)試劑,moltox江西實(shí)驗(yàn)試劑,moltox福建實(shí)驗(yàn)試劑,moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑
71-098L moltox青海實(shí)驗(yàn)試劑,moltox河南實(shí)驗(yàn)試劑,moltox河北實(shí)驗(yàn)試劑,moltox山西實(shí)驗(yàn)試劑moltox陜西實(shí)驗(yàn)試劑
71-100L moltox黑龍江實(shí)驗(yàn)試劑,moltox吉林實(shí)驗(yàn)試劑moltox遼寧實(shí)驗(yàn)試劑,moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑,moltox廣西實(shí)驗(yàn)試劑
71-102L moltox云南實(shí)驗(yàn)試劑,moltox海南實(shí)驗(yàn)試劑,moltox貴州實(shí)驗(yàn)試劑,moltox湖北實(shí)驗(yàn)試劑,moltox湖南實(shí)驗(yàn)試劑
71-1535L moltox中國臺灣實(shí)驗(yàn)試劑,moltox海南實(shí)驗(yàn)試劑,moltox廣西實(shí)驗(yàn)試劑,moltox河北實(shí)驗(yàn)試劑,moltox河南實(shí)驗(yàn)試劑
71-1537L moltox南寧實(shí)驗(yàn)試劑,moltox蘭州實(shí)驗(yàn)試劑,moltox武漢實(shí)驗(yàn)試劑,moltox合肥實(shí)驗(yàn)試劑,moltox青島實(shí)驗(yàn)試劑
moltox s9 11-101.5 moltox說明書,moltox技術(shù)文件,moltox技術(shù)參數(shù),moltox規(guī)格,moltox s9實(shí)驗(yàn)試劑 moltox s9現(xiàn)貨實(shí)驗(yàn)試劑 moltox s9現(xiàn)貨實(shí)驗(yàn)試劑 moltox s9現(xiàn)貨實(shí)驗(yàn)試劑 moltox s9現(xiàn)貨實(shí)驗(yàn)試劑 moltox s9現(xiàn)貨實(shí)驗(yàn)試劑
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