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activemotif 常見問題問答
產品時間:2022-12-20
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ATAC-Seq Kit常見問題

1、此試劑是否和Buenrostro et alnature上發表的方法一樣?

Active motif 基于最初Buenrostro 的文章和2017Corces et al. nature上發表的文章,優化了緩沖液以滿足跟多的實驗需求和高效的實驗過程。

2、試劑盒中包含的重組Tn5酶的來源是?

此試劑盒中的Tn5是由我司克隆,表達,純化,驗證的超活性突變克隆。所提供的這款轉座酶預先已鏈接好用于NGS測序的接頭(adaptor)序列,所以它不許任何預處理過程,可直接用于實驗。

3、每個反應需要使用的小的細胞數量或者組織量是多少?

50,000個細胞或20 mg組織樣本。

4、可以使用凍存的組織和細胞嗎?

      可以,但樣本得保證高質量且高活性,細胞應在控制速率冷凍中冷凍保存(例如細胞凍存液梯度凍存),冷凍介質的配方應防止冰晶形成和隨后的細胞損傷,組織應在-80°C下快速冷凍。

5、可將細胞核凍存后用于后續ATAC-seq實驗嗎?

可以的,提取的細胞核可以-80℃凍存用于后續使用。制備的同樣品細胞核可合并在一起增加樣本量。

6、可以使用FACS分選后的細胞嗎?

可能可以。但FACS后細胞可能會被破壞。一個高質量的ATAC-seq 文庫需要高質量高活性的細胞。

7、您是否建議使用40微米篩孔的細胞樣本過濾器?

是的,我們推薦使用Falcon 40微米過濾器(Falcon貨號:352340)。

8、所有樣本都需要DNase處理嗎?

DNase的處理能夠幫助確定懸液中游離DNA的去除,如線粒體DNA的去除,如果細胞樣本中有15%的死亡率,細胞活性不夠且必須使用此酶,它最終可能會移除你想要的細胞數據。只有當細胞是活較高時,并且不會被酶消化時,才建議將其作為一種選擇。

9、若沒有thermomixer,是否還能使用此試劑盒?

建議使用Thermomixer。然而,我們已經對此進行了測試,在37°C溫度下不使用thermomixer而是在帶熱蓋的熱循環器中進行轉座反應,反應能夠成功。

10、      是否能夠室溫融化此試劑盒包含的所有試劑盒組分,如master mixes和酶?

除了轉座酶和Q5 DNA polymerase 以外,其他試劑均可室溫融凍。轉座酶和Q5 DNA polymerase 包裝中含有甘油,不會被凍結,請直接放在冰上使用。其他組分可融凍多次用于以后使用,所以不需要一次性將16次的試劑用完。

11、      每個樣本需要測序多少量的reads

常規20 M reads的測序量就足夠了。

 

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